Κόντρα με τον μητροπολίτη Άνθιμο

Λίγο πριν τις δημοτικές εκλογές, τον Οκτώβριο 2010 κατά τον εορτασμό του Αγίου Δημητρίου είχε φραστικό επεισόδιο με τον Μητροπολίτη Θεσσαλονίκης Άνθιμο.
Συγκεκριμένα, ο Μπουτάρης νωρίτερα σε εκδήλωση για την Τοπική Αυτοδιοίκηση είχε αναφερθεί στον Άνθιμο λέγοντας: "Δεν είμαι ενάντιος στην εκκλησία, αλλά ο Άνθιμος μου θυμίζει μουτζαχεντίν, δεν έχει διαφορά από τους μουτζαχεντίν. Αντί να κάνει συσσίτια για τους απόρους κάθε εβδομάδα αλλάζει άμφια." . Ο Μητροπολίτης Άνθιμος απάντησε στον Μπουτάρη: "Με είπες μουτζαχεντίν. Σαν να σου λέω εγώ ότι είσαι Βούλγαρος προδότης. Να ανακαλέσεις γιατί όσο ζω εγώ, η Εκκλησία δε θα σου επιτρέψει να δεις τη δημαρχία" .
Μετά την εκλογή του Μπουτάρη, ο Παναγιώτης Ψωμιάδης (νεοεκλεγείς περιφερειάρχης Κεντρικής Μακεδονίας) δοκίμασε να λύσει την διένεξη Μπουτάρη - Άνθιμου συναντώντας τους δύο άνδρες . Ο Μπουτάρης μετά την συνάντηση έκανε την παρακάτω δήλωση: "Δεν έκανα τίποτε για το οποίο να ζητήσω συγχώρεση. Αν θέλει, ας με συγχωρήσει από μακριά. Και ο Ψωμιάδης που πήρε την πρωτοβουλία για να "χαϊδέψει" τους χριστιανούς θα του βγει ανάποδα.", και αναφερόμενος στον Άνθιμο είπε: "Παπά, ξύρισε τα γένια και κάνε κόμμα αγόρι μου. Δεν μπορείς να ανακατεύεσαι σε αυτό το επίπεδο σε κοσμικά θέματα."